波恩大学是18世纪启蒙运动的产物。1777年，人们就在波恩建立了一所高等学校，以促进蓬勃的启蒙运动继续发展，1786年又把它改建为大学，这就是波恩大学的前身。不久，拿破仑一世进攻德国，莱茵地区被占，波恩失守。由于法国人带来了全新的资产阶级民主思想，因而使这所学校成为封建保守思想和自由的意识形态论争的大讲坛。拿破仑失败后，波恩重归普鲁士统治。在当时着名进步思想家洪堡创议、普王弗里德利希。威廉三世帮助下，学校于1818年10月成为普鲁士的正规大学，政府接管了学校。1828年，学校将捐助者的名字作为学校校名，即莱茵波恩弗里德利希。威廉大学，简称波恩大学。至此，学校各领域的发展开始进入了正轨。
波恩大学在近年来，国际上的地位表现抢眼，尤其是在传统意识形态领域的大学排名中，该校一直占据前列，而该校的汉语言文学系着名教授汉学家顾彬先生对中国当代作家的尖锐批评，也使波恩大学成为中国公众普遍较为熟知的德国着名大学。波恩大学现在常设的综合大型专业科系有：神学与福音理论系、天主教新教理论系、国民经济综合系、数学及自然科学系、哲学及意识思维科学系、法学及国家重点科学系、医药及临床科学系。
与波恩大学有着密切联系的马克斯-普兰克研究协会在全球享有极高的威望，主要从事自然科学研究。研究协会有两个研究中心：马克斯-普兰克-射电天文学研究中心，致力于太阳系、银河系和外空间射电源的研究，并拥有世界上最大最先进的射电望远镜;马克斯-普兰克教学研究中心成立于1982年，它的主要课题是研究理论教学。
和医学院有关的几个研究单位是全国医学实验和放射助理学校(从事微生物和免疫学研究)、病人护理学校、儿童护理学校和病人护救学校等。
在德国，“大学城”是波恩市的代名词。随着德国首都北迁入柏林，波恩将进一步朝文化性多功能的城市发展，这无疑为波恩大学学术研究提供了机会。